不動産賃貸にかかるその年の1年分の不動産収入から必要経費を差し引いた差額を不動産所得（いわゆる「もうけ」）といいます。この不動産所得から税額を計算し、翌年3月15日までに税務署に申告しなければなりません。申告方法には『税務署に持参する方法』、『郵送する方法』のほか『インターネットによる電子申告』があります。
ここで不動産収入とはその年に収入すべき金額ですので、例え滞納している家賃があっても含めなければなりません。また経費には固定資産税、不動産取得税、管理費、水道光熱費、火災保険料、減価償却費、銀行などの借入金利子（元金は含みません）、修繕費などがあげられます。この中で減価償却費については算出方法が多少複雑で、かつ計算方法により税額に影響を及ぼすことがあります。
備品や消耗品を購入した場合、いくらまでなら全額が経費になるのかという質問をよく受けます。
まず10万円未満ならば無条件で全額経費になります。次に10万円以上20万円未満の場合には、いったん資産に計上しますが、選択により3年で償却する方法があります。さらには青色個人事業者の場合、10万円以上30万円未満の資産については「少額減価償却資産の取得に関する明細書」を提出する等の要件を満たせば全額が経費になります。この制度の適用についてはいくつかの要件を満たすことが必要です。
個人の確定申告には白色申告と青色申告の2種類があります。青色申告には様々な特典があります。たとえば青色申告特別控除（10万円ないし65万円）により所得を減らせます。
また純損失（赤字）が生じた場合にはこれを翌年以後に繰り越すことができます。さらには配偶者や子供を青色事業専従者として給与の支給をすることができます（但し届出が必要）。
青色申告にするためには税務署に「所得税の青色申告承認申請書」を提出しなければなりません。なお65万円の控除を受けるためには、複式簿記により記帳し、この記帳に基づいて貸借対照表や損益計算書を作成し、かつ申告期限に提出しなければならない等の要件がありますので要注意です。
土地や建物の不動産を所有している人は、よく不動産管理会社を運営しています。不動産管理会社を運営すると、次のようなメリットが期待できます。
ただし、所有物件を実際に管理するという実態が伴わず、形だけの運用では否認されかねませんので要注意です。
